ระบบการปกครองของกรุงศรีอยุธยาตอนต้น ได้รับแบบอย่างมาจากสุโขทัย และจากขอมนำมาปรับปรุงใช้ ลักษณะการปกครองสมัยนั้นแบ่งเป็น
1. การปกครองส่วนกลาง คือการปกครองภายในราชธานี ซึ่งได้รับอิทธิพลจากขอมแบบแผน
ที่ได้รับมาเรียกว่า “จตุสดมภ์” ซึ่งประกอบด้วย
1.1 เมืองหรือเวียง มีขุนเมือง เป็นผู้บังคับบัญชา มีหน้าที่ปกครองดูแลท้องที่และราษฎร ดูแลความสงบเรียบร้อย ปราบปรามโจรผู้ร้าย และลงโทษผู้กระทำความผิด
1.2 วัง มีขุนวัง เป็นผู้บังคับบัญชา มีหน้าที่เกี่ยวกับงานในราชสำนักและพระราชพิธีต่างๆ พิจารณาพิพากษาคดีต่าง ของราษฎรด้วย
1.3 คลัง มีขุนคลังเป็นผู้บังคับบัญชา มีหน้าที่เก็บและรักษาผลประโยชน์ของแผ่นดินอันได้จากอากร นอกจากนี้ยังทำหน้าที่เกี่ยวกับการต่างประเทศอีกด้วย
1.4 นา มีขุนนา เป็นผู้บังคับบัญชา มีหน้าที่ดูแลการทำไร่นา รักษาเสบียงอาหารสำหรับทหาร ออกสิทธิที่นา และมีหน้าที่เก็บหางข้าวขึ้นฉางหลวง คือใครทำนาได้ก็ต้องแลกเอาเข้ามาส่งฉางหลวง
2. การปกครองส่วนภูมิภาค คือการปกครองพระราชอาณาเขต กรุงศรีอยุธยาได้แบบแผนมาจากครั้งกรุงสุโขทัย โดยการแบ่งหัวเมืองออกเป็น 3 ประเภท ได้แก่
2.1 หัวเมืองชั้นใน มีกรุงศรีอยุธยาเป็นราชธานี มีเมืองป้อมปราการด่านชั้นในสำหรับป้องกันราชธานีทั้ง 4 ทิศ เรียกว่า เมืองลูกหลวง ซึ่งอยู่ห่างจากราชธานี เป็นระยะทางเดิน 2 วัน
-ทิศเหนือ คือ เมืองลพบุรี
-ทิศใต้ คือ เมืองพระประแดง
-ทิศตะวันออก คือ เมืองนครนายก
-ทิศตะวันตก คือ เมืองสุพรรณบุรี
นอกจากนั้น ยังมีหัวเมืองชั้นในตามรายทางที่อยู่ใกล้ๆ กับเมืองลูกหลวง เช่น เมืองปราจีน เมืองพระรถ(เมืองพนัสนิคม) เมืองชลบุรี เมืองเพชรบุรี เมืองราชบุรี เป็นต้น และถ้าเมืองใดเป็นเมืองสำคัญก็จะส่งเจ้านายจากราชวงศ์ออกไปครอง
2.2 เมืองพระยามหานคร หรือหัวเมืองชั้นนอก คือ เมืองใหญ่ที่อยู่ห่างจากหัวเมืองชั้นในออกไป
ทิศตะวันออก คือ เมืองโคราชบุรี(นครราชสีมา) เมืองจันทบุรี
ทิศใต้ คือ เมืองไชยา เมืองนครศรีธรรมราช เมืองพัทลุง เมืองสงขลา และเมืองถลาง
ทิศตะวันตก คือ เมืองตะนาวศรี เมืองทะวาย เมืองเชียงกราน
2.3 เมืองประเทศราช หรือเมืองขึ้นของกรุงศรีอยุธยา เมื่อครั้งรัชกาลสมเด็จพระรามาธิบดีที่ 1 (พระเจ้าอู่ทอง) สันนิษฐานว่า คงจะมีแต่เมืองมะละกากับเมืองยะโฮร์ทางเแหลมมลายูเท่านั้น ส่วนกัมพูชานั้นต้องปราบกันอีกหลายครั้ง จึงจะได้ไว้ในครอบครอง และในระยะหลังต่อมาสุโขทัยก็ได้ตกเป็นเมืองขึ้นของกรุงศรีอยุธยาด้วย
เมืองประเทศราช มีเจ้านายของตนปกครองตามจารีตประเพณีของตน แต่ต้องกราบบังคมทูลให้กษัตริย์แห่งกรุงศรีอยุธยาแต่งตั้ง
ลักษณะการปกครองสมัยพระรามาธิบดีที่ 2 ถึงสิ้นกรุงศรีอยุธยา
ลักษณะการปกครองกรุงศรีอยุธยาในระยะนี้ ยังคงใช้ระบบการปกครองสมัยสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถเป็นหลัก จนกระทั่งถึงสมัยพระเพทราชา ซึ่งเป็นสมัยที่บ้านเมืองไม่สงบเกิดกบฎขึ้นบ่อยครั้ง เพราะทหารมีอำนาจมากในขณะนั้น และอำนาจทางทหารตกอยู่ในความควบคุมของสมุหกลาโหมแต่เพียงผู้เดียว ดังเช่นในสมัยสมเด็จพระเชษฐาธิราช สมุหกลาโหมเป็นกบฎแย่งชิงราชสมบัติและตั้งตัวเป็นกษัตริย์คือ พระเจ้าปราสาททอง เป็นต้น จึงทำให้สมเด็จพระเทพราชาหวาดระแวงพระทัย เกรงว่าจะเกิดเหตุการณ์เช่นนี้อีกในสมัยของพระองค์ เพื่อเป็นการถ่วงดุลแห่งอำนาจ พระองค์ตัดสินใจจัดระบบการปกครองใหม่เป็นบางส่วนดังนี้
สมุหกลาโหม แต่เติมเคยควบคุมเกี่ยวกับทางทหารทั่วประเทศ ให้เปลี่ยนมาเป็นควบคุมผู้บังคับบัญชาทหารและพลเรือนในแถบหัวเมืองฝ่ายใต้
สมุหนายก เดิมเคยควบคุมเกี่ยวกับข้าราชการพลเรือน ให้เปลี่ยนมาควบคุมผู้บังคับบัญชาทั้งทางทหารและพลเรือนในแถบหัวเมืองฝ่ายเหนือ
ในกรณีที่เกิดสงคราม ในหัวเมืองฝ่ายใด ผู้บังคับบัญชาการหัวเมืองฝ่ายนั้นต้องเป็นแม่ทัพใหญ่ ดำเนินการต่อสู้ โดยเป็นผู้บังคับบัญชากองทัพเตรียมทหารและเสบียงอาหาร เป็นต้น
การที่เปลี่ยนจากระบบมีอำนาจเต็มทางทหารแต่ฝ่ายเดียวของสมุหกลาโหม มาเป็นระบบแบ่งอำนาจทั้ง 2 ฝ่าย ดังที่ได้กล่าวมาแล้วนั้น ทำให้สมุหนายกและสมุหกลาโหมควบคุมและแข่งขันกันทำราชการไปในตัว
การปกครองของเมืองหลวงยังคงใช้ระบบการปกครองในสมัยสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ แต่มีการเปลี่ยนแปลงบ้างก็เฉพาะหัวเมืองต่างๆ เพิ่มขึ้นหรือลดลงเท่านั้น เช่น ในสมัยสมเด็จพระมหาจักรพรรดิ ได้ทรงสร้างหัวเมืองชั้นในขึ้นอีกหลายเมือง ได้แก่ นนทบุรี นครชัยศรี ฉะเชิงเทรา สาครบุรี และสระบุรี ทำให้อาณาเขตราชธานีขยายกว้างออกไปอีก ส่วนหัวเมืองประเทศราชนั้นไม่แน่นอน ถ้าสมัยใดพระมหากษัตริย์มีอำนาจก็จะมีเมืองขึ้นหลายเมือง ถ้าอ่อนแอเมืองขึ้นต่างๆ ก็จะแข็งเมืองไม่อยู่ในอำนาจต่อไป การปกครองท้องถิ่นก็ยังคงใช้แบบเดียวกับสมัยสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ
การทหาร ในสมัยสมเด็จพระรามาธิบดีที่ ๒ พระองค์ทรงเห็นข้อบกพร่องในทางการทหาร จึงจัดระเบียบและปรับปรุงแก้ไขส่วนที่บกพร่องให้ดียิ่งขึ้น โดยพระองค์ทรงดำเนินการปรับปรุง ดังนี้
๑. ทำสารบัญชี โดยการตั้งเป็นกรม แบ่งงานออกเป็น
-๑.๑ สุรัสวดีกลาง
-๑.๒ สุรัสวดีขวา
-๑.๓ สุรัสวดีซ้าย
๒. มีการแต่งตำรายุทธพิชัยสงคราม เพื่อใช้เป็นหลักในการทำสงครามให้ถูกยุทธวิธี ซึ่งเป็นตำราที่ใช้ยึดเป็นหลักปฏิบัติกันมาจนสิ้นกรุงศรีอยุธยา
ชายฉกรรจ์ ที่มีสัญชาติไทย มีหน้าที่ดังนี้
1. เมื่ออายุได้ 18 ปี ต้องขึ้นทะเบียนเป็นไพร่สม ต่อเมื่ออายุ 20 ปี จึงจะรับราชการเป็นไพร่หลวง และอยู่ในราชการจนกว่าจะอายุครบ 60 ปี จึงจะถูกปลด แต่ถ้ามีบุตรชายและส่งเข้ารับราชการ 3 คน ให้บิดาพ้นราชการได้
2. ชายฉกรรจ์ทุกคนต้องมีสังกัดอยู่ในกรมใดกรมหนึ่ง ลูกหลานผู้สืบสกุลต้องอยู่ในสังกัดเดียวกัน ถ้าจะย้ายสังกัดต้องขออนุญาตก่อน
3. ในเวลาที่บ้านเมืองสงบเรียบร้อย ไพร่หลวงจะต้องเข้าประจำการปีละ 6 เดือน เรียกว่า เข้าเวร และจะต้องหาเสบียงของตนเองมาด้วย การเข้าเวรนี้จะเข้าเวร 1 เดือน แล้วออกเวรไปทำมาหากิน 1 เดือนแล้วจึงกลับมาเข้าเวรใหม่ สลับกันจนครบกำหนด
4. หัวเมืองชั้นนอก ที่อยู่ห่างไกลในยามปกติ ไม่ต้องการคนเข้ารับราชการมากเหมือนในราชธานี จึงใช้วิธีเกณฑ์ส่วนแทนการเข้าเวร โดยการนำของที่ทางราชการต้องการ เช่น ดินประสิว แร่ดีบุก ฯลฯ มาให้กับทางราชการแทนการเข้าเวร
แบ่งเป็น 2 แบบ ดังนี้
